HS3 bygger på den suksessrike JTAG-HS1 ved å legge til en buffer for åpen kollektor til pinne 14 for å muliggjøre feilsøking av Xilinx Zynq-SOC-prosessorene. Når JTAG HS3 er koblet til en PC via en standard A til mikro-USB-kabel, mottar den kraft fra USB og kan gjenkjennes som en Digilent-programmeringskabel, selv om HS3 ikke er koblet til målkortet. JTAG-bussen kan deles med andre enheter ettersom HS3-signalene holdes i høy impedans, bortsett fra når den kjøres aktivt under programmering. HS3 er liten og lett og kan holdes godt fast av systemkortkontakten.